L'embouchure de la Sienne se trouve à proximité immédiate de grandes zones conchylicoles. Pour cette activité économique, une eau littorale de bonne qualité est indispensable, notamment au niveau bactériologique. Un déclassement de la qualité des eaux peut amener la disparition de la conchyliculture dans de tels secteurs.
Il ya également des enjeux importants à proximité du Havre de Régneville autour la qualité des eaux de baignades.
Plusieurs espèces remarquables sont présentes dans la Sienne et ses affluents : Saumon Atlantiques, Lamproie marine, Truite fario, Mulette perlière, Chabot, Lamproie de planer, ... Les .rivières entretenues par le SIAES ont un rôle national, voir européen pour la préservation de ces espèces.