Natura 2000 est un réseau de sites européens reconnus pour accueillir des habitats naturels ou des espèces remarquables à l'échelle européenne.
Le Bassin de l'Airou a intégré le réseau Natura 2000 car il abrite 6 espèces remarquables : le Saumon atlantique, la Moule perlière, la Lamproie marine, la Cordulie à corps fin, la Lamproie de planer et le Chabot.
Depuis 2007, le comité de pilotage a confié la gestion du site Natura 2000 au SIAES.
Les principales actions mises en place sur le bassin de l'Airou sont :
- le programme de restauration et d'entretien de l'Airou et de ses affluents, visant à maintenir en état, voir améliorer, les rivières et ruisseaux ;
- les Mesures Agro-Environnementales (MAE) qui sont des subventions agricoles pour les exploitants qui gère de façon plus extensive leurs parcelles (maintien des prairies, limitation du pâturage et de la fertilisation) ;
- la déclinaison régionale du Plan National d'Action en faveur de la Mulette Perlière,
Depuis 2015, le document d'objectifs du site Natura 2000 "Bassin de l'Airou" qui planifie la gestion de ce territoire est en cours de révision. Ce travail consiste à faire le bilan des actions mises en oeuvre, à actualiser l'état des lieux du site et à mettre à jour les mesures de ce plan de gestion.